La présente étude a élargi les approches de Nakagawa et coll. (2005) et de Yin et coll. (2005) en utilisant un panel de diversité et en l`exposant aux variations climatiques causées par la latitude, l`altitude et la saison dans des conditions de terrain. Une plus grande possibilité de découverte a été associée à une plus grande contestation des compétences du modèle que les E et G étaient plus complexes. Nous avons trouvé que le modèle original était insuffisant et a dû introduire un paramètre d`acclimatation pour améliorer la prédiction de phénotype. Le coldindex calculé à partir de la durée jusqu`à la floraison pour juillet (chaud) et octobre (froid) semis au Sénégal a donné un QTL sur CHR1 (Fig. 7A: C1i; P = 1,3 × 10 − 5). Le paramètre RIDEV tbase fonctionnellement comparable dérivé du même jeu de données phénomics (Run2: environnements sénégalais seulement), qui transmet les effets thermiques sur la floraison, n`a pas répliqué C1i mais a donné un QTL plus grand sur chr6 (Fig. 7B: C6m; P = 2,0 × 10 − 7). Le même locus a donné une association beaucoup plus faible (P = 6,3 × 10 − 5) pour COLDIndex (comparer Fig.

7Avs7B). Une paire particulièrement intéressante de gènes candidats a été associée au C6m (QTL majeur pour tbase; Fig. 7B; P = 2,0 × 10 − 7). Ils étaient Loc_Os06g06300, syn. OsFTL3, syn. RFT1, un florigène favorisant la floraison sous de longues journées; et Loc_Os06g06320, syn. HD3a, syn. OsFTL2, un florigène favorisant la floraison sous des jours courts. Le SNP principal était situé dans HD3a. Michael Dingkuhn, Richard Pasco, Julie M Pasuquin, Jean Damo, Jean-Christophe Soulié, Louis-Marie Raboin, Julie Dusserre, Abdoulaye Sow, Baboucarr Manneh, Suchit Shrestha, alpha balde, Tobias Kretzschmar; Des phénomènes assistés et des études d`association à l`échelle du génome pour l`adaptation climatique du riz Indica. 1. phénologie, revue de botanique expérimentale, volume 68, numéro 15, 9 septembre 2017, pages 4369 – 4388, https://doi.org/10.1093/jxb/erx249 1/PPsens estimé (Fig.

3C) était de < 1,5 pour la plupart des accessions, ce qui indique l`insensibilité à la photopériode, mais la distribution a montré une queue prolongée vers des valeurs plus élevées, indiquant une floraison retardée sous de longues journées. Les distributions étaient similaires pour Run1 et Run3. L`acclimatation phénologique aux basses températures, selon le concept de temps thermique, réduirait soit le tbase, soit le nombre d`unités de chaleur (BVPsum dans RIDEV), dans les deux cas faisant progresser la floraison. Notre choix d`acclimatation Act sur tbase était arbitraire et nécessiterait des expériences dédiées pour valider. Zhang et coll. (2008) ont rapporté une augmentation apparente des unités de chaleur dont les variétés de riz ont besoin pour fleurir à mesure que le climat se réchauffe sur une période de 20 ans. En fait, ils ont observé une durée constante à la floraison malgré le réchauffement. De même, dans notre étude, les conditions fraîches ont augmenté la durée à la floraison moins quand elles étaient une condition permanente (haute altitude). Nous avons testé des facteurs alternatifs tels que l`humidité atmosphérique mais conservé l`acclimatation froide car il expliquait le mieux la variation phénologique. La validation complète de cette hypothèse nécessitera des études environnementales contrôlées. Plusieurs gènes candidats étaient liés au nanisme, bien que le gène semi-nain bien connu ne soit pas parmi eux.

Des exemples pour les QTL majeurs ont été B7m (Loc_Os07g39220 ou OsBZR1, contrôlant le nanisme et l`angle de feuille par l`intermédiaire de brassinostéroïde), T1i (Loc_Os01g03510, nanisme) et T5i (Loc_Os05g02500, syn. OsMKP1, nanisme, et la gibbéreline et la sensibilité de brassinostéroïde; Loc_Os05g02530, capacité photosynthétique, développement des racines et longueur du chaume et nombre de grains). Cela était également vrai pour les QTL mineurs P1 (2) m (Loc_Os01g49000, nanisme et Organisation des microtubules) et T1m (Loc_Os01g03510, nanisme). Les gènes candidats liés à la biologie développementale, mais non le nanisme, ont été observés dans les principaux QTL T8 (1) i (Loc_Os08g04270; granulométrie/remplissage/dormance, ramification des racines) et T9m (Loc_Os09g35000, développement des microspores).